A Maioria dos ninjas tem seus elementos de chakra que poderão ser desenvolvidos conforme sua evolução.Os ninjas poderão escolher seus elementos primários e terão jutsus baseados no elemento escolhido(ver lista de jutsus).O elemento secundário é escolhido ao chegar no nível Jounnin.
Tem certos clãs que já definem o elemento primário de cada um por exemplo,Uchihas o elemento primário é fogo,Hoozukis o elemento água,Yuki(Clã do Haku) já tem os seus dois elementos dominados desde o nascimento,estes são a água e o vento.
Mas tambem há clãs que NÃO PODEM ter jutsus elementais,tais como os Aburame,Hyuuga,Inuzuka,Akimichi,Kaguya,Nara,Yamanaka e afins.Nem preciso explicar muito sobre o motivo,quem acompanha o mangá e anime pode perceber que estes não usam jutsus elementais pois sua composição de chakra é especial pra cada clã.
Certos elementos são mais fortes que outros, seguindo o esquema abaixo.
Fogo > Vento > Raio > Terra > Água > Fogo
E caso há combate entre eles,será comparado primeiro o elemento,Se Água é mais forte que fogo,entre a luta de dois jutsus desses elementos,o dano do elemento mais forte será dobrado(no caso,a água).E se o combate for entre elementos iguais o dano será subtraido o maior valor pelo menor e a diferença será o dano,exemplo :
Um ninja usa um jutsu de água que causa 35 de dano, e outro usa um que causa 20.
35 - 20 = 15
Então o segundo ninja que usou o jutsu mais forte,levará 15 de dano.